كشفت دراسة بيئية حديثة عن أن الوقود الحيوي يفاقم من ظاهرة الاحتباس الحراري.و يسهم قطع أشجار الغابات والإفراط في استخدام الأسمدة لإنتاج محاصيل الوقود الحيوي في زيادة انبعاثات غاز ثاني أكسيد الكربون المسبب الرئيسي في ارتفاع درجات الحرارة.

وأشارت الدراسة إلى أن انبعاثات ثاني أكسيد الكربون تصدر نتيجة تبدل استخدامات الأراضي لإنتاج الوقود الحيوي، مؤكدة أن قطع الاشجار يتسبب في زيادة الانبعاثات الكربونية، نظراً لأن أشجار الغابات تلتقط كميات كبيرة من ثاني أكسيد الكربون، وفي المقابل طالبت باستخدام الأراضي الغير منزرعة لإنتاج الوقود الحيوي، ما سيؤدي إلى تراجع كبير في ثاني أكسيد الكربون.

وحذرت الدراسة من أن الاستخدام المتزايد للأسمدة في زراعات محاصيل الوقود الحيوي سيرفع انبعاثات أكسيد حمض النتريك وهو غاز قوي مسبب للاحتباس الحراري قد يتفوق على ثاني أاكسيد الكربون بحلول نهاية القرن الحالي.